安徽省气象局履行《中华人民共和国气象法》、《安徽省气象管理条例》和中央机构编制委员会印发的《地方国家气象系统机构改革方案》赋予省级气象主管机构的各项职责，机构规格为正厅级。省局由局机关和直属事业单位构成，其中局机关内设：办公室（外事办公室）、应急与减灾处、观测与网络处、科技与预报处（气候变化处）、计划财务处、人事处、政策法规处、党组纪检组（审计室）、机关党委办公室（精神文明建设办公室）、离退休干部办公室；设置在肥直属处级事业单位11个，分别为：安徽省气象台（淮河流域气象中心）、安徽省气候中心、安徽省气象科学研究所（安徽省气象卫星遥感中心、安徽省环境气象中心）、安徽省大气探测技术保障中心、安徽省气象信息中心（安徽省气象档案馆）、安徽省气象灾害防御技术中心、安徽省公共气象服务中心、中国气象局气象干部培训学院安徽分院、安徽省气象局机关服务中心、安徽省气象局财务核算中心。
经中国气象局批准，安徽省气象局根据工作需要，在黄山、九华山设置气象管理处、在合肥设置巢湖气象局（巢湖气象灾害防御管理局）作为省局直属派驻外地的气象事业单位。
经地方相关部门批准成立，设置安徽省人工影响天气办公室、安徽省农村综合经济信息中心（安徽省农业气象中心）。
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